Конезавод, по имени которого был назван фредериксборг, был основан королём Фредериком II в 1560-е годы и был знаменит тем, что поставлял лошадей королевским домам Европы. Первые производители были завезены на завод из Испании и постепенно скрещивались с близкой родственнецей испанских лошадей, неаполитанской. Полученные в результате лошади были одновременно элегантны, умны и прекрасно соответствовали двойным требованиям времени: сочетанию работы в манеже со строевой службой в кавалерийских частях.
Порода продолжала развиваться путём вливания крови восточных и британских полукровных жеребцов, и на протяжении нескольких веков фредериксборги были одними из популярнейших лошадей в Европе. В конечном итоге безудержный экспорт фредериксборгов из Дании привёл к серьёзному истощению племенных ресурсов, в результате чего в первой половине XIX века завод перешёл на выращивание чистокровных верховых. Эта затея успехом не увенчалась, и в 1871 году завод закрылся. К счастью, фредериксборки не исчезли благодаря частным конезаводчикам, которые продолжали разводить их как лёгких упряжных лошадей.

Фредериксборгов до сих пор выращивают в Дании, хотя в последнее время выведена датская теплокровная, основанная преимущественно на шведских, германских и польских жеребцах. Кровь фредериксборгов иногда проявляется в датских теплокровных, в основном по женской линии.
Высота 160-163 см. Масть рыжая
Фредериксборги сыграли значительную роль при выведении известной породы липицанов, знаменитых в связи со Школой испанской верховой езды в Вене. Белый жеребец Плуто из королевской датской придворной конюшни был одним из шести жеребцов, родоначальников липицанской породы. Плуто родился в 1765 году, самым первым из шести. Более двух веков спустя егопотомки всё ещё выступают в Школе испанской верховой езды, где их можно распознать по приставке "Плуто" в имени.